黑木耳菌棒制作好之后，要進行發(fā)菌管理，這個近段非常重要，關(guān)系到黑木耳的產(chǎn)量質(zhì)量問題，一定要非常注意溫度問題。
黑木耳的生長不用施肥，主要的是依靠菌棒制作及發(fā)菌管理，在黑木耳發(fā)菌管理管理時要注意以下三點：
菌棒培養(yǎng)應(yīng)選擇清潔衛(wèi)生、干燥、通風(fēng)條件好的場地。場地應(yīng)事先打掃干凈，用硫磺薰蒸或用5％的苯酚（或過氧乙酸）噴灑進行殺蟲和空間消毒，適時通風(fēng)換氣，待藥劑的氣味散發(fā)后，搬進接種后的菌棒。菌棒移入培養(yǎng)室內(nèi)發(fā)菌一般堆高7—8層，應(yīng)按“井”字形或三角形排放在室內(nèi)。若在室外層架堆放，要求層離地面40厘米以上。黑木耳菌絲營養(yǎng)生長階段不需要光線，應(yīng)避免強光直射。
溫度黑木耳發(fā)菌管理重要的一點。黑木耳接種后10天內(nèi)室溫以26—28℃為宜（不宜超過30℃），在菌孔發(fā)出菌絲直徑有6—8厘米大時需及時揭膜，做到早、晚通風(fēng)增氧，以促進菌絲萌發(fā)；當(dāng)菌絲吃料約10厘米后，應(yīng)將溫度控制在24—26℃：保持通風(fēng)；接種20天后，室溫以22℃左右為宜，此時應(yīng)特別注意散堆，適當(dāng)增加通風(fēng)次數(shù)；40天后菌絲進人生理成熟階段，袋溫逐漸下降，應(yīng)根據(jù)溫度變化開關(guān)門窗調(diào)節(jié)室溫。關(guān)門增溫時一定要注意及時通風(fēng)，防止“燒菌”。
在菌絲長滿菌袋后要進行刺孔養(yǎng)菌。選擇陰涼天氣，用5—8.3厘米長的鐵釘板進行刺孔排氣，每袋菌棒刺孔9—10行，共約100—110個孔（若選擇不脫袋栽培還需要增加刺孔量），并創(chuàng)造良好的通風(fēng)透光條件，以利于菌絲恢復(fù)生長，促進生理成熟，形成耳芽。在刺孔局部有耳芽形成，但尚未長出袋口時，即可選擇陰涼天氣進行脫袋排場。脫袋時，場地應(yīng)保持潮濕。