微生物菌劑內(nèi)含有特定的活體微生物，通過其生命活動促進(jìn)植物營養(yǎng)元素的供應(yīng)量吸收，有的還能釋放生長并抑制有害微生物的形成。其作用機理有改善土壤的理化特性，提供植物所需的營養(yǎng)元素，改善植物對營養(yǎng)的吸收，使葉綠素含量增加，減少呼吸作用；微生物在正常的生長中釋放，刺激作物根系的生長，使作物積累營養(yǎng)成分，終使產(chǎn)量提高；還可以增強植物抗逆性，抑制病蟲害發(fā)生，降低產(chǎn)量損失。
幾種常見的菌種：
1、枯草芽孢桿菌：增加作物抗逆性、固氮。
2、芽孢桿菌：解磷（磷），具有很好的降解土壤中有機磷的功效。
3、地衣芽孢桿菌：抗病、殺滅有害菌。
微生物菌劑主要作用：
1、提高土壤肥力：有些菌劑可以增加土壤中氮磷鉀營養(yǎng)元素的含量；還可以提高一些土壤酶類活性，有利于土壤中養(yǎng)分的轉(zhuǎn)化方便植物的吸收利用。另外，在微生物菌劑的幫助下會產(chǎn)生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促進(jìn)難溶的礦質(zhì)營養(yǎng)釋放：生物微生物菌劑使土壤酶活性提高，使不溶性土壤養(yǎng)分溶解利于植物吸收。
3、幫助農(nóng)作物吸收養(yǎng)分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮轉(zhuǎn)化為作物能吸收的氮肥。
4、增強植物抗病（蟲）能力：生物微生物菌劑中的微生物在土壤中能分泌、殺蟲劑及植物生長。及殺蟲劑能殺滅植物病害及害蟲的蟲卵，植物生長促進(jìn)葉綠素含量升高，提高植物光合作用的能力。
5、增強植物的抗逆能力：有些生物微生物菌劑施用后，在土壤中大量生長繁殖，聚集在作物根部形成優(yōu)勢菌群，在其自身生長過程的同時，改善周圍的環(huán)境，提高植物體的抗逆性。
6、提高作物品質(zhì)：
乳酸菌、嗜酸乳桿菌、凝結(jié)芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌等可提高果實中必需氨基酸（賴氨酸和蛋氨酸）、維生素B族和不飽和脂肪酸等的含量。果實口感好，耐儲藏，賣價高。
7、調(diào)節(jié)作物生長：生物微生物菌劑中的微生物在土壤中能釋放如生長素、吲哚乙酸、赤霉素等，能夠調(diào)控作物生長，進(jìn)而有提高產(chǎn)量的效果。