四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院前身為1938年成立的四川省農(nóng)業(yè)改進(jìn)所，1964年正式建制為四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院。全院現(xiàn)設(shè)作物所、土肥所、植保所、生核所、遙感所、信息所、測(cè)試中心、園藝所、茶葉所、水稻所、經(jīng)作所、蠶業(yè)所、水產(chǎn)所等13個(gè)研究所（中心）和實(shí)驗(yàn)場(chǎng)、服務(wù)中心2個(gè)服務(wù)機(jī)構(gòu)。截止2005年12月底，有職工2479人，其中在職職工1480人。全院現(xiàn)有博士52人、碩士111人；研究員62人，副研究員159人；國(guó)家突貢專家7人，政府津貼專家69人；省優(yōu)專家8人，省學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人24人、后備人選27人；四川省和成都市科技杰出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)獲得者2人；國(guó)家百千萬(wàn)人才工程、二層次人選和新世紀(jì)百千萬(wàn)人才工程人選2人。
全院設(shè)有糧食和經(jīng)濟(jì)作物育種、種植制度、資源環(huán)境、生物技術(shù)、信息技術(shù)、家蠶、水產(chǎn)等50多個(gè)學(xué)科和專業(yè)。近年來(lái)，先后建設(shè)了一批研究中心和國(guó)際合作中心（實(shí)驗(yàn)室）：四川省農(nóng)科院水稻區(qū)域技術(shù)創(chuàng)新中心，國(guó)家農(nóng)作物改良中心成都玉米分中心、瀘州水稻分中心和簡(jiǎn)陽(yáng)棉花分中心，農(nóng)業(yè)部植物新品種保護(hù)測(cè)試（成都）分中心，中德油菜研究中心，農(nóng)業(yè)部轉(zhuǎn)基因植物環(huán)境監(jiān)督檢驗(yàn)測(cè)試西南中心，農(nóng)業(yè)部食品質(zhì)量監(jiān)督檢測(cè)中心，農(nóng)業(yè)部遙感中心西南區(qū)域分中心，農(nóng)業(yè)部長(zhǎng)江上游農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境重點(diǎn)開放實(shí)驗(yàn)室和水稻、玉米、小麥、油菜、棉花、高粱等原原種基地，糧農(nóng)組織國(guó)際農(nóng)業(yè)信息體系中國(guó)西南分中心，博士后科研工作站，四川省國(guó)際科技合作基地與中國(guó)和德國(guó)合建的“中德油菜研究中心”等。
“九五”以來(lái)，全院獲得國(guó)家、部、省級(jí)科技成果獎(jiǎng)119項(xiàng)。其中，國(guó)家發(fā)明二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、三等獎(jiǎng)2項(xiàng)，國(guó)家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、二等獎(jiǎng)4項(xiàng)，三等獎(jiǎng)1項(xiàng)，省科技進(jìn)步特等獎(jiǎng)1項(xiàng)、一等獎(jiǎng)10項(xiàng)、二等獎(jiǎng)29項(xiàng)，發(fā)表論文2990篇。
“十五”期間四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院育成農(nóng)作物新品種168個(gè)（國(guó)家審定品種19個(gè)，省級(jí)審定品種149個(gè)），占四川省攻關(guān)組育成品種的38%，被列為省主推品種26個(gè),獲專利45項(xiàng)，品種權(quán)25個(gè)。2004年獲得農(nóng)業(yè)部植物新品種保護(hù)先進(jìn)單位。
“十五”期間，四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院主要農(nóng)作物新品種在省內(nèi)外累計(jì)推廣2.7 億畝,占全省糧棉油作物種植面積的40 %；新品種、新技術(shù)、新產(chǎn)品在省內(nèi)外累計(jì)推廣2.1億畝，累計(jì)增加糧食135億公斤,皮棉1200萬(wàn)公斤，新增社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益130億元。
2004年，經(jīng)科技部評(píng)估，四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院有3個(gè)研究所進(jìn)入全國(guó)省級(jí)農(nóng)林科研機(jī)構(gòu)科技綜合競(jìng)爭(zhēng)力前100名，其中，作物所名列全國(guó)省級(jí)農(nóng)科院“百?gòu)?qiáng)所”。2005年，本院被省委、省政府授予“科技創(chuàng)新先進(jìn)單位”和“科技對(duì)外開放先進(jìn)單位。